但商家军可不会给清军喘息的机会,在清军撤军以后,立刻向清军动了反攻，虽然西安门外大街被横向封锁，但商家军现在对南京的地形比较熟悉了，从其他各个路口绕道，很轻松的就越过了防守阵地，并且从多个路口向西皇城根大街的清军动进攻，同时在房顶也动进攻。&&
尽管皇战失守，对商家军来说是一个意外，而且西安门外大街也不是商家军预计的战场，但自从商家军进入南京之后，就一直在做着打巷战的准备，因此这时也打得比较顺手，相反是淸军，无论是心理，还是在战术，都对巷战的准备不足。
因此在商家军动反攻之后，淸军依然处处被动，处处受制。完全没有抵抗之力，尽管清军的人数要比商家军多，但在狭窄的街道，兵力根本就无法展开，人数的优势完全挥不出来，相反因为人员过于密集，反到是有利商家军的火器挥，步枪射击的命中率几乎高达八成，手榴弹更是一炸一片。
而且商家军的打击还是从地到天的立体式作，便是让清军防不胜防。根本就不会想到，敌人会从那一个方向杀出来，屋顶，窗户，房间，小巷，仿佛觉得倒处都是商家军，倒处都在开枪，倒处都有。也许就在一回头的功夫，自己身边的同伴就会突然倒下，也许站在一起的几个人中，有一个就会突然被爆头，鲜血飞溅而出，淋了身边几个人一身。总之是那里都不安全。
在这种情况下，努山也毫无办法，只能带领看不断的后退，一直全部退出了西安门外大街，退过了玄津桥，一直退回到西皇根大街，才算是收处了脚。而这时借着星光和在西安门外大街因为刚才的产生点点燃烧的火光，可以清楚的看到，在街面横七竖八，几乎躺满了清兵的尸体。
商家军也在玄津桥前留下了一个连驻守，双方隔着玄津桥，暂时对持起来。努山也赶忙又派人向皇城中回报，请救支援。
不过这时淸军己经基本控制了整个皇城，韩岱接到了努山的报告之后，也觉得有些意外，想不到在南京城破，皇城也己失守的情况下，商家军还在坚持着抵抗，他当然不敢轻视商家军，赶忙分派其他的人，带领着人马，从北安门，西安门、长安右门三个方面，赶来支援努山。
但这一来也耽搁了不少时间，不仅商家军的各路军队都己经进入到自己的防区，建立好了阵地，而且从第九师的李定国也派来二十团进入南京支援到位了。
收到了各路部队的报告之后，尽管己经有五个防区都己经开始了战斗，但商毅心里也踏实多了，这一来至少也能够坚持一阵子，那么就让清军来领教一下，商家军的巷战厉害。
不过就在这时，又有人来报告，城外的清军向南城的聚宝门和三山门动了进攻。
三山门属南京的西城是由李定国守卫，现在有两个团的兵力，因为有玄武湖做侧翼，因此商毅到还不太但心，但聚宝门却是南边清军主攻的方向，由杨武丞带领一个旅守卫，而且聚宝门并不是商毅一定要坚守的地方，因此商毅对这边的战斗并不放心，接报之后，立刻对段鹏道：“段鹏，你就在这里指挥战斗，我到聚宝门那边去看一下，记住大中桥是连结东城和南城的咽喉要道，那里一定要守住。”
段鹏点了点头,道：“督师大人，你放心去，这里就尽管交给我了。”
商毅点了点头，这才带着自己的卫队，赶奔聚宝门而去。
进攻聚宝门的清军主将是屯齐，这里本来就是清军的主营所在地方，阿济格接到了正阳门、朝阳门都相继被攻破之后，立刻下令屯齐，也率军向聚宝门动进攻。
这段时间以来，清军己经扎好了四百多个大木筏，在进攻正阳门、朝阳门各带去了一百个木筏，而在聚宝门一线，集中了二百多个木筏，以及一百多艘小船，开始强渡外秦淮河。因为这里有商家军守卫，因此清军也格外重视。同时还派出一部份兵力，进攻山川门，牵制住李定国部，实其不能来增援聚宝门。
如果仅仅只是聚宝门外的清军进攻，因为有外秦淮河为屏障，商家军的人数虽少，但也能抵挡住一阵，但清军攻破了正阳门和朝阳门被攻破之后，清军派出一支人马，在通济门附近渡过外秦淮河，沿着河北岸绕到聚宝门前，迫使商家军不得不分兵在外秦淮河北岸据守侧翼。这样一来，兵力就明显的捉襟见肘起来。
而就在这时，商毅也赶到了聚宝门外，这时战斗进行得正是激烈，在秦淮河面，燃起了十几处火焰，将水面照得通亮，同时还有近百余艘舟船正冒着炮火，向北岸强渡过来。而在阵地的东边，也同时是枪炮之声，响个不停，显然也打得十分激烈，
商毅看了看现在的形式，就知道对商家军十分不利，聚宝门显然是守不住了，因此也告诉杨武丞，立刻下令，马向城内撤退。
不过虽然是撤退，但也绝不是一下子就放弃阵地，全部都退回到城里去，而是先从阵地撤回两个营，在聚宝门的城头驻守，然后其他各部队都携带着自己的武器，依次从阵地撤退，并且留下了足够断后的人马，这样井然有秩向撤退行动，再加淸军渡河的功夫，十分顺利的就全部退到了南京城墙边之后，同时在城墙还有接应的部队进行掩护。
入城之后，商毅立刻下令，留下一个团，由自己带领，留在城墙驻守，抵挡清军的进攻，而杨武丞带领另一个团也迅退到城内，在内秦淮河的北岸建立防守战线，准备城内的巷战。
而清军渡过了秦淮河之后，也一刻没有停，马架起了云梯，又向南京城墙动了进攻，商家军虽然只有一个团守卫城墙，但却依托着南京高大的城墙，枪、炮、手榴弹、霹雳火箭等武器一起射，利用凶狠的火力，也给清军造成了很大的伤亡。
但仗打到这一步了，清军也不能退缩，依然向墙头动了一次又一次的猛攻。而且清军毕竟是人数众多，在一个点强攻不下，就把战线拉开，分散商家军的驻守兵力，这一来果然有效，商家军的火力虽然猛，但兵力不是始终都是一个无法克服的劣势，长达数百步的城墙，根本无法全部照应得过来，因此在淸军这样全面展开的进攻下，也有些坚守不住，在战线两侧的薄弱环节，己经有清军蹬城墙。
好在是坚守城墙，只是为了给退守秦淮河一线拖挺时间，现在也坚守了差不多有犬个时辰，估计杨武丞在秦淮河北岸也己经差不多准备好了，因此商毅也立刻下令，放弃城墙，向内城撤退。于是士兵们也都纷纷收拾武器，向南京城中退去。
商家军一退，清军立刻蹬了城墙，然后打开城门，放城外的大军进城。屯齐闻讯之后，也不禁大喜，因为他和努山开始的想法也一样，现在南京的城墙己有多处被攻破了，清军杀入城中，按照一般的攻城常识，南京己经算是被清军占领了，因此他一面向阿济格报捷，一面亲自率军进城。
在这时攻开了聚宝门的先头清军也并没有急于向城里深入展，因为在刚才的攻城战斗中，商家军的火力也确实给清军造戌了相当大的损失，现在也需要调整一下。而屯齐在进城的时候，也现在城墙下堆积着的清兵尸体，心里也觉得有些骇然，商家军的火力之强，果然是名不虚传。
不过不管怎么说，总算是攻进了南京，就算受点损失，那也是值得的，因此在屯齐策马进入聚宝门之后，心情还是十分愉快的。
而在聚宝山边的清军大营里，阿济格也是一夜无眠，随时都听候着进攻南京的消息。不过这一次战争的总体进展还算是很不错，好消息接二连三的传来，先是朝阳门被攻破，清军杀入南京城中，紧接着正阳门也被攻开，随后淸军又占领了皇宫，现在聚宝门也被攻克了。这一来南京的东城南城就都被清军攻破，看起来这次除夕夜袭、内外夹攻收取南京的战斗，己经取得了全面的胜利。
当然阿济格同样也收到了清军在杀过皇宫，向南京的中部地区展的时候，遇到商家军的顽强阻击，但在阿济格看来，那不过是商家军最后的挣扎而已，毕竟是大局己定，商家军就算再强，又能如何呢现在南北二京，均在清军的掌握之中，大清统一天下的宏伟大业既将完成，而自己是攻取南京的清军主将，也必然功不可没。
因此尽管一夜没睡，但阿济格依然神釆奕奕，立刻下今，大军马开拔，进入南京。等他走出大帐以后，这才现，天色己经亮了。