这一战一直打到了第二天正午才结束，叛军的主力终于被商家军击溃。&&但由于战场过于零乱,因此直到当天傍晚时分，战果才初步统计出来，这一战一共杀死叛军二万五千余，其中有近半数是烧死或自相践踏而死，生擒一万五千余人，才加散逃的叛军，可以说确实是其本消灭了叛军的主力。而商家军自身的伤亡还不足百人。
不过叛军的主将马进忠又一次逃脱了性命，但这时他身边也只剩下两三百余人了，马进忠心里也知道，这一次基本可以算是全军覆没，虽然主要是因为商家军过于强大的原因，但自己身为全军的主将，自然也是难逃其责，回到杭州只怕也没有好结果。而且遭此一败，玄皇教也元气大伤，十年之内，恐怕难以再有大作为了。因此马进忠也不回杭州，带着这二三百人逃离了浙江，脫离玄皇教另寻去处。
商毅对战果也十分满意，在第二天只留了杨武丞的骑兵营、一个新兵营和辅兵看守俘虏，率其余的人马，趁胜进军，去攻取杭州。
那知商家军的人马到达了杭州城西北角的武林门前的时候，只见武林门的城门大开，吊桥放下，全无设防，竟然沒有一名叛军的士兵守卫。不过隐隐听到城中有喊叫的声音，而且不时还有百姓从城里跑了出来，还都是十分惊慌的样子。
商毅也不禁觉得有些意外，拦住了几个跑出来的百姓询问，杭州城里，到底生了什么事情。
见是官军来了，百姓们才稍稍有些放心，这才向商毅说起城中的情况，原来自从叛军占领了杭州城之后，对城中的大户富豪人家里进行掠夺，钱财物资抢获一空，充为军用，当然这期间也杀了不少人，但对一般的平民百姓，甚致是小康之家，没有过多的迫害，更没有像流寇那样屠城，而且城中的秩序也有一定的恢复，毕竟叛军是打算把杭州作为自己的根据地。
但不知为什么，从昨天晚开始，叛军的士兵就在城中四处抢夺，也不分富户穷人，见什么抢什么，稍有反抗就格杀勿论，还放火烧毁了一些房屋。因此城中的秩序也大乱了起来。而且在天亮之后，有人看见一部份叛军赶着马车，逃出城去。但城里还是留下了不少叛军，同时也更为凶恶，烧杀抡掠，什么事都做，于是许多百姓都逃出城避难。
商毅听他们说完之后，估计是玄皇教见大势以去，死守杭州城以经毫无意义，因此只完留下一部份精英，撤离杭州，或隐居起来，或另投他处，而其他招募拉陇的叛军士兵，也就都弃之不理了。而其他被弃的士兵无人约束，又充满了绝望的情绪，只能借用杀人放火来泄，当然也有人是想抢完一票之后跑路，结果造成了杭州大乱。这到是很有可能的事情。
不过虽然是这样想，但商毅也不敢大意，命段鹏先带一个侦察连进城，观察城中动景，是否如事所说，并且占领武林门的城楼和城门。
段鹏领军进城之后不一会儿，就派人回报，以经完全控制了武林门，城中确实一片混乱的样子，而且也沒有人组织抵抗。
其实商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家军以经蹬了城楼，还有一部份就守在城下，确实完全控制了武林门。于是商毅立刻下令，全军进城。
大队人马进城之后，商毅蹬了城楼，向城中看去，城里确实是一片混乱，满街都是跑的居民，地还躺倒了不少尸体。因此啇毅立刻下令，留下第二团的火炮营守住武林门，自己和周少桓带一个火枪营、二个侦察连和两个新兵营去占领州府衙门，剩余的一个火枪兵营和一个长枪兵营都分散成以连为单位，立刻在城中去制止叛军的暴行，将他们全部都抓到州衙来，敢反抗者一率格杀匆论。
商毅领军赶到了杭州的府衙门，这里早己以人去楼空，商家军毫不费力就打开了府衙的大门，占领了府衙。随后商毅又分派三个新兵营，分头去攻占杭州城的各个城门，不许进出。
杭州曾经是宋朝南渡之后的都城，在南宋时期，共有十三座旱门，五座水门。而南宋灭亡之后，元、明以来，杭州城已固定为十个城门。分别为东有庆春门、清泰门、望江门，南有候潮门、凤山门，西为钱塘门、清波门、涌金门，北为武林门、艮山门。都要分派兵力把守。每个城门分派一个连把守，剩下的三个连则留在府衙，准备看守俘虏。
这时叛军正在城中肆意施暴，但很快就现，街头巷尾，出现了一队队衣甲鲜明整齐的军队，有人先喊，命令他们放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵当然不甘心就这么缚绑，但对方也不多和他们废话，喊了两遍不见他们有所行动，就立刻举枪射击。枪声响过之后，叛军们顿时纷纷倒地毙命，而其他的叛兵见势不妙，马四处逃窜。当然也有一些横的叛军不服，还想冲来动手，结果还没等他们冲到近前，就被弹丸击中倒地，就算有一部份人侥幸冲到商家军的近前，但等待着他们的，是雪亮的刺刀。
虽然商家军中还有一部是长枪兵，但商家军的长枪兵，也不是现在叛兵这样的乌合之众所能抵抗的，双方动手的结果，无一例外的都是叛军倒地身亡。
知道了商家军的厉害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁乱逃跑,躲藏了起来，绝大部份都扔掉了武器，举手投降，被押到府衙前的大广场看押。
到了响午过后，在商家军雷厉风行的打击之下，杭州城里的动乱以经基本平定了下来，随后在商家军的组织指挥下，又去扑灭了城中的火势，好在叛军并不是诚心要放火烧城，因此火势并不大，到接近黄昏的时候，终亍都灭了。虽然还是有不少房屋被烧毁，而且死伤了不少居民，但就整个城市来说，损失并不算大，比起被张献忠焚为一炉的武昌来说，根本就不算什么。
而商毅终于也松了一口气，这杭州总算是拿下来了。立刻又命令城外的士兵押着俘虏开拔进城，同时又清理城中的尸体残籍。
在城中被商家军打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，却有近两千余人。城中百姓死伤了近四千余人，民房被烧毀了六十余间，另有二百多间店辅被砸被抢，五千多名百姓受伤。因此在这天夜里，整个杭州城里到处都可以听到哭声，情景也颇为凄惨。
商毅心理虽然也有些凄凄，但这种事情现在也见得多了，心肠也硬了许多，同时虽然占领了杭州，还有许多善后的事情需要处理。正好这时杭州的中下层官吏知道朝廷的大军收复了杭州，也纷纷到府衙来拜见商毅，并且带来了杭州的户籍、府库、鱼鳞册等。其中有推官兰秉浩、经历杨堪、知事万绍华、照磨季峻、办田斌文、主薄肖方忠等，以及衙役班门，公人差使，一共有二三十号。
他们基本都是中下级的官员，最大的推官也不是正七品，如文、主薄还没有品级，连官都算不，属于吏员一类。在中国古代的地方政务，与其说是“官治”，倒不如说是“吏治”。自宋以降，府州县的地方官几乎全是从科举中选的。做“之乎者也，子曰诗云”一类的道德文章是拿手，但治理地方的行政事务却是一知半解，除了各种事务都有一套繁琐的程式，基本法令之外，应该援引或可以类推的成例更是多如牛毛。
再加古代的法制不建全，因此某件公事该依哪一条法令或哪一项规定去处理，在律令和会典等籍中都找不到，只能从以往出现过的成例套用，以保万无一失。否则万一出点纰漏或被司找出了岔子，轻则驳回，重则训斥，说不定还会为此而丢官罢职而这方面只底下具体办事的人才淸楚。
而当官的为了不出错，或者嫌麻烦，只能把这些事情都托付给底下的三班六房的衙役办主薄等人去处理。结果知府知州这类正式的地方官员反而被架空，而身份卑微的吏员，却在实际把持着地方行政权力。
吏员不属官员，没有品级，也没有晋升的可能，往往都是世袭，这也是中国历史有一个政治现象，称为“官无封建，而吏有封建”，因此他们大多数人也没有什么道德关念，平时和当地的大户勾结，中饱私利，坑害百姓。淋尖踢斛、折色火耗等话计基本都是他们在俱体作。
而他们对朝廷也没有多少忠心，一但改朝换代生，也轮不到他们头来，因为无论是谁来当官，也离不开他们，永远是不倒翁，因在叛军攻下了杭州之后，他们向叛军投诚，现在商毅收复了杭州，又立马都倒向了商毅。
这些陋习商毅心里当然清楚，但目前来说，暂时还不能动他们，而且户籍、府库册、鱼鳞册等资料也是十分有用的东西，因此也不动声色的接纳了他们。