在其他各项工作进行的同时,军队的统计工作也完成了。目前商毅手下一共有正规军二万二千四百五十七人，民兵及少年军八千三百七十八人。另有战马六千五百七十三匹，各种火铳二千零四十八支，大小火炮计三十四门。各种盔甲计有三万四千五百佘件，刀枪盾牌等武器四万五千多件。
而经过了唐镇和孙和斗对士兵们详细解释，成为正式士兵之后能够亨受到的优惠条件，加这一段时间以来，穆陵军连续获胜，商毅也从未苛刻士军的军饷，有不少士兵都觉得当职业兵其实也不错，而且还有相当一部份士兵和清军有仇，觉得跟着商毅，有希望报仇，因此绝大多数人都想继续当职业兵，纷纷报名。当然也有一部人不想再当兵了。一切都以他们自愿的原则进行。
最终有一万八千七百五十二人愿意继续从军，其余的人，就则都全部转为民兵。而商毅也马开始着手，对全军的编制进行一番大的整编。
军队的编制方法，在戚继光所著的［纪效新］里有过详细的说明，现在的明朝军队，也基本都是按照戚继光的方式来编制军队。但商毅显然不打算釆用这种通常模式。
其实就在清军退兵之后，商毅就以经在考虑重新编制军队的问题，他的目地是要把自己的军队，打造成一支全新的军队。因此准备借鉴后世的军队的班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，以表示和这个时代的其他军队的区别。
当然虽然在后世，世界各国几乎是全部釆用班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，但俱体编制的人数，并没有一个定论，不仅是在不同的国家各不相同，而且就是在相同的国家，在不同的时期，也是不一样的。商毅也没有必要去死搬硬套。在这几天的时间里，以经完全考虑成熟了。
因此唐镇和孙和斗将统计出来愿来从军的人数报给商毅之后，商毅立刻招集全军的主要将领，招开军事会议，并将自己制定出来的建制向众人宣布。
按商毅制定的军队建制，以十人为一班，设班长一名、副班长一名；五个班为一个排，设排长一名，副排长一名；四个排为一个连，设连长一名、副连长一名；四个连为一个营，设营长一名，副营长一名；四个营为一个团，毎个团设团指挥部，团长一名、副团长一名、团参谋长一名，文二名，团部警卫班一个，由十人组成。两个团为一个旅，三个团为一个师。若干个旅师组成军团或纵队，但目前的建制只到团级为止。而各级军官也都从以前各大队、小队的队长、以及有战功的士兵中选拨。
本来按商毅的想法，还计划引入后世共和队的政治委员这一职位，在连、营一级设立政治指导员，团级以及未来的旅、师、军团、纵队设立政委，以加强对全军的政治思想教育和控制，但目前自己手头缺少有文化并接受自己思想观念的军事人员，另外在大明朝还在的情况下，在军队中设立政治委员这样的职位，也过于敏感了，因此商毅只能暂时取消这个打算，等以后再说。
对商毅这的安排，众将都沒有意见，一来商毅在众将心目中有很高的威信力，他的意见在一般情况下，都没有人会反对。二来在这个时候，天下大乱，军队的编制方式其实也没有一个严格的规定，而团长、营长、连长这类叫法都是各级军官的名称，和官级大小并沒有关系，因此众将虽然都觉得很新鲜，但并沒有什么不妥的地方。
这样一来，全军目前共分为五个团、毎个团的标准人数为三千三百八十三人，可以成为一个独立的作战部队。另有两个独立营，毎个营的标准人数在八百四十二人。
各团的军官人选分别是：一团团长唐镇、副团长蒋义渠、参谋长鲍铜钢；二团团长周少桓、副团长童大勇、参谋长黄震；三团团长成进、副团长成钢、参谋长赵英杰；四团团长王信、副团长赵英豪、参谋尤洪亮；五团团长罗远斌，副团长刘伯涛、参谋长赵拓。
两个独立营分别为骑军营和侦察营，骑军营的营长由杨武丞出任，而侦察营的营长为周琦、副营长为吴汉生，四个连的连长分别是何冲、田楚、张达江和段鹏。
按照商毅的计划，每个团的备配为两个全火枪兵营；一个火炮营，拥有火炮二十到四十门左右，由一个炮兵连纵火炮，一个铺助连，使用其他火器，另有一个火枪兵连，付责保护火炮，并使用其他火器，一个骑兵连，付责侦察敌军动作，为火炮提供射击方向，另外每一门火炮将配驴马三到四匹，包括有炮车一辆，弹药车一辆；剩下的一个营为后勤营，付责运输物资和后勤保障。
骑兵营为全骑兵编制，每名士兵配两匹战马，作战时会根据战事的需要，临时编入所需要的其他各团中或着独立作战。而侦察营也会根据战事的需要，分散为连排单位，向其他各团提供侦察人员。
当然目前穆陵关的火炮和火枪数量都不足，只能一个一个团来实现，计划将在这一年内逐步补充齐全。这样毎个团将拥有火枪一千八百支左右，过全团半数，这也是商毅所希望达到的目标，未来自己的军队，将是以火器为主要武器。
因此商毅也要求孙和鼎立刻扩大枪炮房的规模，至少要达到每月制造火枪三百到五百支，火炮十到二十门的水平。同时也要求火药作坊和木工作坊，加紧制造火药、车辆等。
同时商毅又重新制定了军官士兵的饷银标准，士兵被分成三个等级，分别为初级列兵、中级列兵、高级列兵。每月的饷银分别为三两、四两、五两白银。班长是八两、副班长七两，排长十二两、副排长十两，连长为十八两、副连长十六两，营长为二十四两、副营长二十一两，团长为三十两，副团长、团参谋二十七两，文十两。
当然士兵的饷银支付也是在十两白银以内，可以自选是白银或是米支付，毎石米拆价按二两白银计算，出十两白银的部份，一率用白银支付。另外士兵所分到的田地的租金，则是全以白银支付。
而士兵的等级划分，暂时以从军时间长短为标准，现在穆陵军的士兵大体分为三类，一是从民团时代是跟着商毅的士兵，这批士兵从军的时间最长，训练最系统也最严格，经历的战斗也很多，经验也最丰富，同时也最受商毅信任，这批士兵现在一共有两千四百多人，新编制的班长、排长等中下级军官有很多都将从他们中间选拔，而其余的也全部都提升为高级列兵。
第二类是在商毅守卫穆陵关时6续招募，这批士兵从军的时间也不短，经历过一段时间的严格训练，基本都参加过与清军的历次作战，也有相当的作战经验，除了少数立下过一定功劳的士兵提升为高级列兵，其余全定为中级列兵。
第三类就是在守卫济南府时，从难民中招募，也包括一部份原来的青州兵，这类的人数最多，有一万二千多人。都经历过济南战役，也算见过大阵仗，但训练时间不长，基础普遍不足，因此还需要一段时间的严格训练，他们全定为初级列兵。
士兵的分级暂时就是这样确定，商毅本还打算引入后世的士、尉、校、将的军衔制度，但目前的条件还不允许他这样做，因此也暂时只定了士兵的三个等级。而低级的士兵可以通立战功，或者是通过测式，升级为中高级的士兵。商毅规定毎年都会举行一次士兵等级测式，考核通过的士兵，都可以得到晋升一级的机会。
而商毅对军队又做出了另一项大的改变就是取消了自己军中的跪拜礼节。
来到了这个时代之后，商毅最反感和最不习惯的就是下跪叩头礼节。因为做为现代人，商毅除去在极少数特殊时候，比如祭奠去世的先辈、英烈，或者是结婚庆典这种场合，在其他时候，对无论是什么原因的下跪行为都非常排斥，无论是自己给别人还是别人给自己下跪，或者是看到别人给别人下跪，都很不适应。
在商毅看来，下级对级下跪，绝对是一种不正常的关系行为。虽然在目前，有些时候他也不得不对别人曲膝下跪，但至少可以取消在自己军队里的跪拜行为。于是将所有的下跪礼节改成了行军礼。而且还是采用立正站好，右手四指伸直并陇，斜指在太阳边的后世的军礼。同时也规定，下级给级敬礼之后，级必须还礼。
对于这一点，穆陵军的众将都觉得非常意外，因为在他们的观念里，下级给级下跪，是天经地义的事情。不过商毅取消下跪，只是在本军队中，而且耍说有受损的，反而是商毅自己，既然商毅这么决定，其他人也只有尊行了。